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여기에서, ppmap 웹 서버와 데이터베이스를 소개 합니다. 그것은 (1) 도메인-도메인 및 단백질-단백질 상호 작용 정보를 누구의 3d-구조, (2) 단백질 상호 작용 지도와 단백질 superfamily 톰슨과 및 가족 수준에서 뷰어, (3) 단백질 상호 작용 인터페이스 뷰어 및 식별 됩니다 포함 (4 ) 쿼리 시퀀스에서 단백질 데이터 뱅크 (PDB)의 동종 일치를 감지 하 여 가능한 상호 작용을 위한 구조적 도메인 예측 도구입니다. 구조적 상호 작용 데이터는, 플랫 파일 형식으로, ppsbase (http://psibase.kaist.ac.kr/Download/download.shtml)에서 추가 분석을 위해 다운로드할 수 있습니다. 이는 두 도메인과 ppsmap 알고리즘에 따라 임계값 거리 내에 있는 잔류 쌍의 수 사이의 가장 작은 거리를 포함 합니다. 그것은 뿐만 아니라 raw 데이터 파일을 제공 하지만, 그것은 또한 관심의 단백질의 상호 작용 파트너를 찾을 필요가 생물학을 제공 합니다. 단순히 단백질 순서를 두는 것은 가능한 상호 작용 협동자 (interlogs)를 찾는 이젠 그만 이다. 쿼리 시퀀스의 가능한 예측 도메인은 구조적 할당 프로토콜을 기반으로 하므로, 사용자는 ppsbase에서 만든 예측을 수락 하면 interlogs의 3d 구조를 볼 수 있습니다. 구조적 도메인 할당에서는 두 개의 데이터베이스와 두 개의 알고리즘을 사용 했습니다. 그들은 scop (http://scop.kaist.ac.kr/scop, murzin 외 알., 1995) 중간 순서 도서관 isl를 가진 데이타 베이스, (teichmann 그 외 여러분, 2000), 및 숨겨 지은 markov 모형 포장 (hmmer, http://hmmer.wustl.edu/)를 가진 PSI 돌풍 (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/) 이었다. 우리는 ppsbase은 구조적 생물 정보학 및 분자 생물학 분야의 사람들에 게 유용 하다 고 생각 합니다. 보충 정보: ppsbase 서버를 http://psibase.kaist.ac.kr/에서 사용할 수 http://psibase.kaist.ac.kr/Doc/supplementary_material.htm에서 보충 자료를 사용할 수 있습니다. ppsbase에 액세스 하는 세 가지 쿼리 인터페이스가 있습니다. 모든 쿼리는 자신의 파트너와 단백질 도메인 상호 작용을 보여주는 웹 페이지로 앞에 있습니다.

가용성: http://ppsmap.org 및 http://psibase.kaist.ac.kr/압축 폴더 ENX8_WIN로 이동, 파일을 추출 합니다. 폴더를 마우스 오른쪽 버튼으로 클릭 하 고 모두 추출을 클릭 합니다. 두 번째 ppsbase 쿼리 인터페이스는 사용자의 단백질 시퀀스를 수용 하는 단백질 구조 도메인 할당 유틸리티입니다. ppsbase에서 사용할 수 있는 도메인 할당 알고리즘은 두 가지가 있습니다. 하나는 isl (소개 참조)을 이용 하는 PSI-BLAST에의 한 homology 기반 순차 검색 이며, 기타 hmmer 프로 파일 검색 알고리즘입니다.

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